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riboPOOL適合任意物種的核糖體RNA去除方案

簡要描述:riboPOOL適合任意物種的核糖體RNA去除方案,適合任意物種,去除效率高且效果穩定,廣泛應用于RNA-seq、芯片、ribo-seq(ribosome profiling)等領域,在歐洲*。

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  • 廠商性質:生產廠家
  • 更新時間:2022-09-06
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詳細介紹

品牌其他品牌供貨周期兩周
應用領域生物產業,農業

riboPOOL適合任意物種的核糖體RNA去除方案

RNA測序是一種高度準確且靈敏的轉錄組追蹤工具。然而,一些豐度很高的RNA種類卻影響了NGS文庫制備,浪費了寶貴的測序資源。

在提取到的總RNA中,核糖體RNA(rRNA)占95%左右,mRNA占2-3%,還有2-3%是非編碼RNA,如Long non-coding RNA、tRNA、microRNA等。

所以,在RNA測序的過程當中,首先要解決的問題,是如何去除核糖體RNA(rRNA)。

riboPOOL是來自德國的核糖體RNA去除產品,能夠高效去除與研究無關的RNA,讓研究人員更高效地利用測序資源。

riboPOOL核糖體RNA去除方案,適合任意物種,去除效率高且效果穩定,廣泛應用于RNA-seq、芯片、ribo-seq(ribosome profiling)等領域,在歐洲*。

riboPOOL由精心設計的生物素標記的DNA探針混合物構成,保證RNA完整的前提下,比Ribo-Zero(Illumina)多去除約10%的rRNA。

riboPOOL主要優勢

1、任意物種

去除任意物種的rRNA或高豐度mRNA:豐富的成品型目錄可供選擇,目錄持續更新中;目錄以外的物種的rRNA,或者組織特異性的高豐度mRNA均可定制。

2、去除不依賴poly-A結構

適合非Ploy-A化的RNA(如snoRNA、lncRNA、組蛋白)的研究和原核生物。

3、廣泛的起始量范圍

在100 ng到5 μg的RNA起始量之間都有很好的去除效率。

 

ribPOOL特殊應用

1、原核通用型riboPOOL與環境基因組學

原核通用型不僅可以廣泛應用于各種原核生物樣本(細菌、古生菌),還可以處理含有不同微生物的復雜樣本,如環境基因組樣本(如土壤、污泥)。

2、去除高豐度RNA

除rRNA之外, riboPOOL還可以去除組織特異性mRNA(如人血珠蛋白)或其他測序時出現的不相關的高豐度RNA。

3、可應用于Ribosome profiling

riboPOOLs 可以應用于ribosome profiling樣本,更多信息,請聯系我們。

4、復合型riboPOOL可以去除混合樣本中的rRNA

復合型riboPOOL可以去除含多個物種的混合樣本中的rRNA??蛻艨筛鶕颖镜慕M成比例混合2-4種成品型riboPOOL使用,如病原體感染的人體組織(人源+原核通用型)、人血液樣本(人源+人血珠蛋白)。

 

實驗流程

 實驗數據

人類樣本中,riboPOOL的去除效率是98.6%,而Comp Z的去除效率是80.6%。

小鼠樣本中,riboPOOL的去除效率是96.4%,而Comp Z的去除效率是86.1%。

 

2013年,siTOOLs Biotech公司由RNA領域的專家在慕尼黑和雷根斯堡成立,團隊涵蓋RNAi篩選、RNA生產和生物信息學等方面具有長期經驗的科學家,產品在歐洲得到研究院校和制藥企業的廣泛認可,在中國的總代理是藍景科信。

 

siTOOLs Biotech主要產品線:

siPOOL—基因沉默工具(siRNA)

raPOOL—RNA捕獲工具

riboPOOL—核糖體RNA去除工具(riboPOOL適合任意物種的核糖體RNA去除方案

實驗結果穩定可重復,為您節約時間和成本。我們還提供先進的大數據分析工具(Phenovault)和研究服務,助力臨床前研究中的靶點發現和驗證。

核心技術

科學設計、集群效應,保證高效特異的作用于靶基因。

類似狼群所展示的群體智慧,我們利用集群的力量來實現具有挑戰性的目標?;诖死砟?,我們科學優化設計siRNAs或生物素化探針混合物,并反復被證明可以顯著減少脫靶效應,實驗效率高,結果可靠且可重復。

核心文獻:

Hannus, M., et al.(2014) siPools: highly complex but accurately defined siRNA pools eliminate off-target effects. Nucleic Acids Res 42(12): 8049?8061.

 

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